题目分析：
本题利用了主动和被动来考查我们关于伴随状语的逻辑主语的问题。

选项分析：

A选项：本选项主要有两处错误。第一，由于整个主句是一个被动语态，所以主句身前的伴随状语While digging in the Egyptian desert的主语就是本选项中的bones。但在逻辑上，真正能在埃及的沙漠去挖东西的应该是人而不是骨头。第二，which appears to have been是一个非限制性定语从句，其中的谓语动词是单数，从句必须修饰一个单数的名词。但在这个定语从句身前没有单数名词。
另外，需要注意的是，在定语从句中的appears身后是一个不定式短语，这个不定式短语加了一个have，在不定式或分词短语中加have表示的是强调先时性（注意，不是完成时，只是先发生而已）。当不定式或分词短语中的事件全是先发生于其主句时，可以加have来强调，也可以不加，均没有错误。

B选项：由伴随状语所引发的逻辑主语错误同选项(A)；另外，这里的which appear to be绝对不会修饰paleontologists，因为which只能引导修饰“物”的定语从句，因此，不是这里的定语从句不对，而是这个定语从句会跳过人，直接修饰bones，这点是没有问题的（在GMAT考试中，这种跳跃修饰的情况非常常见，也经常作为答案选项出现（例如OG诊断测试中的倒数第三题），因此千万不能以此作为错误点排除这个选项）。 

C选项：本选项开头的it是一个形式主语，其指代身后由that引导的主语从句。其同选项(A)(B)一样会让句首的伴随状语的主语不正确。

D选项：Correct.本选项在语法和逻辑上均是正确的。

E选项：本选项的主要错误在于which are from what appear to be the second most massive dinosaur是一个非限制性定语从句。其只能修饰名词bones。这和选项(D)不同，选项(D)中的from what appears to be the second most massive dinosaur 是状语，修饰的是动词“发现（found）”。在逻辑上，应该是从第二大恐龙中发现化石，而不仅仅是化石本身是来自于第二大恐龙的（仅仅是化石来自于恐龙，并不代表这个化石是在这条恐龙的身上被发现的，例如，我们可以说：我在美国发现了元朝的一个花瓶的碎片，我只知道这个碎片肯定是元朝制造的那个花瓶的，但是发现地点可以和那个花瓶现存的地点完全无关。在本题中，显然地，发现化石的地点应该和发现这条恐龙的地点相同）。

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