题目分析：
whereas是一个连词，表示对比关系，它要求两个句子有对比关系即可，没有必要让两个句子的主语具有对比关系。

选项分析：

A选项：in that是连词，可以翻译为：因为。“scramjets可以达到高速”和“scramjets减少airflow compression”之间应该是方式关系，即，通过减少airflow compression的方式，scramjets可以达到高速。因此，in that they reduce应改为by reducing。

B选项：whereas连接的两个句子不对等，没有可比关系。在本题中，具有对比关系的两个句子应该为a ramjet generally cannot achieve high speeds和scramjets, or supersonic combustion ramjets, can attain high speeds。本选项中whereas连接的两个句子是：a ramjet generally cannot achieve high speeds和that high speeds can be attained by scramjets is a result of their reducing airflow compression，对比的两个句子不对等。

C选项：whereas连接的两个句子不对等，该错误同(B)。

D选项：首先，when表示“当”，应改为方式介词by，该错误同(A)；其次，the ability身后只能加不定式to do而不能加介词短语of doing。这点考查了“动名词和不定式的区别”。用之于本题，例如我们说：
James has the ability to finish GMAT.
在例句开始的时候，显然詹姆斯还没有完成GMAT呢，否则我们就说的是一句废话，因为人家都已经完成了，当然是有能力了。由此可知，ability的定语只能用不定式而不能用介词短语。

E选项：Correct. 本选项在逻辑上和语法上均是正确的。

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