题目分析：通常情况下，骨头是通过地下水的一系列作用变成化石的，地下水会渗透到骨头中，冲走骨头的有机物质，并且用矿物质取代有机物质。

选项分析：

A选项：正确。which引导的定语从句，修饰underwater，之后说明了underwater会做的三个动作：渗透，冲刷，以及取代。

B选项：and后面是完整的一句话，此时，这句话不再是定语从句里的成分，而是和主句“bones become fossilized”并列，但“他们被取代”并不能和主句并列，而是属于underwater要做的动作之一；并且，定从里的两个谓语动词“permeates”和“washes away”之间没有连词，属于语法错误。

C选项：定语从句里，washing away成了修饰permeate的伴随状语，但逻辑上这两个动作之间应该是并列关系，而不是修饰关系。

D选项：doing和主句之间有逗号隔开，此时permeating是修饰主句谓语动词的伴随状语，且逻辑主语是和主句主语一致的，即bones。但很明显，并不能骨头渗透进骨头。

E选项：同D

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