题目分析：
本题的句式比较散，需要考生细心找到整个句子的谓语动词。

选项分析：

A选项：in its eastward orientation和by its overall plan不平行，两者身前的介词应该均用by。由于这是一个被动语态的句子，所以只有用by才能表示出它们是indicate的逻辑主语。被动语态规定，只有by后才是动作的逻辑主语，例如：
(1) Lunch was eaten by me
(2) **Lunch was eaten in me
句(1)表示，“我”是吃午饭的发出者；句(2)则完全没有此意。

B选项：was indicated的主语A ruined structure found at Aqaba, Jordan, once probably being a church,的核心词有误，本选项中其核心词为a ruined structure。但在逻辑上，被计划和朝向表明的应该是“一个已毁坏的结构是一座教堂”这个事件，而不是“一个已毁坏的结构本身”。

C选项：本选项的主语是一个动名词短语，即，indicating that a ruined structure found at Aqaba, Jordan, was probably a church，这个主语虽然长，但是是单数名词，谓语动词应该也用单数的was，而不是were。

D选项：indicates应该用被动语态，而不是主动语态。这是因为，“一个已毁坏的结构是一座教堂”这个事件肯定是“被”计划和朝向表明的，而不是主动表明了什么。

E选项：Correct. 本选项在逻辑和语法上均是正确的。That a ruined structure found at Aqaba, Jordan, was probably a church是 主语从句。

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